辣椒的根系较浅，不耐涝，又怕旱，种植过程中要做到合理浇水
(1)浇水看墒情
有很多菜农浇水习惯按天数计算，这是不对的，应该看土壤墒情浇水，浇水前要看土地干湿状况，确定是否需要浇水。如土壤手握成团落地散开应浇水，落地不散开暂不浇水。
(2)浇水看需要
不同品种在不同生长发育期需水不同，要区别对待。不能看到别人浇水自己就盲目跟着浇。
(3)水量要适当
水的比热大，冬季浇水过量容易降低地温，也会使土壤适应性变差，使辣椒受害，如难缓苗、沤根、长势差、产量低。可以隔行浇，浇小水，适量浇水。
(4)冬浇热，夏浇凉
冬天浇水要选好天气，在温度较高时浇水，浇水后要提高棚温，借以恢复地温。夏天温度高，要在清晨或傍晚浇水，使地温不产生大的波动，利于辣椒的生长发育。
(5)以水带肥
追肥后要立即浇水，以溶解肥料宜于作物吸收，否则烧根、烧苗、肥效不能正常发挥。
(6)浇水太懒，脐腐明显
辣椒幼果期失水干旱或控水过度，都会引起脐腐病，造成烂果，所以幼果期水要跟上。如果怕浇早了旺棵子，可单株浇一瓢水或小浇水的办法，勿使过干,这样能防脐腐病的发生。
(7)浇水太勤，容易沤根
毛细根变黄甚至烂根。要控制浇水次数过多的做法,冬季尤其如此。
(8)水大水凉，心叶发黄
水量太大，势必造成土壤中水分过多,空隙度变低,空气少，根窒息。毛细根受伤后，合成的生长素减少吸收的微量元素锌、铁减少,造成叶黄甚至停长。水温低，伤害根系,叶黄也属必然。严重时地上部萎蔫。
(9)水少干旱，花果落半
不能及时供水 ，苗老化难高产。成株花果脱落，容易产生多种生理病害。
(10)水多促旺长
水多肥多在温度较高的春秋季节，辣椒易发生旺长。即营养生长过强，会造成落花落果，果长得慢，甚至光长棵不结果。所以应控水、控氮，降低棚温，扩大温差。旺长的可以喷用矮壮素、助壮素等控旺剂解决。
(11)水前先防病
冬季棚室往往因湿度 大造成病害多，如果浇水前不进行防治，灰霉病等很可能会爆发成灾。所以在浇水前喷药防病是很重要的。
(12)水后要提温
如果水温太低，尤其是在冬天寒冷的阶段，浇水后使地温下降，根系受到伤害，轻则生长停止、叶发黄、植株衰弱重则烂根死棵。所以要选晴好天浇水，避开浇水后遇上连阴天气。浇水后的几天内，把棚温提高到30度以上，借棚温提地温,减轻根系受害。
(13)水后划锄好
水后划锄既保墒又能避免水大黄叶，减轻水大危害。
(14)不用白水浇
配合浇水按不同时期辣椒的需要，应施用部分肥料，力求做到少量多次，避免一次用得太多。
